คลองมะละกา

อยู่ที่อ่าวพันเตมะละกา เป็นคลองที่มีขนาดใหญ่และมีความยาวมากที่สุด สามารถแล่นเรือเข้าไป เที่ยวชมได้เป็นระยะทางหลายกิโลเมตร สภาพสองข้างทางเป็นป่าโกงกางสลับกับโขดหินผา น้ำในลำคลองเป็นน้ำกร่อย ในอดีตคลองมะละกาได้ชื่อว่ามีจระเข้ที่ดุร้ายอาศัยอยู่ชุกชุมมาก สิ่งที่น่าสนใจบริเวณคลองมะละกา นอกจากสภาพภูมิประเทศที่สวยงามแล้ว บริเวณต้นน้ำมีถ้ำน้ำดั้นถึง 3 แห่ง เป็นถ้ำที่มีน้ำไหลลอดออกมาจากภายในถ้ำลงสู่ลำคลอง ถ้ำที่มีชื่อเสียงมาก ได้แก่ ถ้ำจระเข้ ซึ่งเป็นถ้ำที่ลึกลับวิจิตรสวยงามของหินงอกหินย้อยรูปร่างแปลกตา อันเกิดขึ้นเองตามธรรมชาติ ทางอุทยานฯ ได้ทำทางเดินภายในถ้ำและยังมีผู้นำทางทำให้เกิดความสะดวกสบาย
การเดินทางสามารถเดินทางไปโดยติดต่อเรือหางยาวบริเวณหน้าที่ทำการอุทยานฯ หรือนั่งเรือไปตามลำคลองมะละกาที่อ่าวพันเต ซึ่งทางอุทยานฯ ได้จัดเรือไว้บริการพาชมถ้ำต่างๆ